Wellcome Sanger Enstitüsü, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü ve Universidad de los Andes'ten bir biyolog ekibi, insan bağırsağında yaşayan 142.809
Wellcome Sanger Enstitüsü, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü ve Universidad de los Andes'ten bir biyolog ekibi, insan bağırsağında yaşayan 142.809 bakteriyofaj türü ( bakterilerde enfekte olan ve çoğalan virüsler) belirledi.
Wellcome Sanger Enstitüsü'nden Dr. Luis Camarillo-Guerrero ve meslektaşları, metagenomik adı verilen bir DNA dizileme yöntemini kullanarak, insan bağırsağından kültürlenen 28.060 genel insan bağırsak metagenomunda ve 2.898 bakteri izolat genomunda bulunan viral türlerin biyolojik çeşitliliğini araştırdı ve katalogladı.
Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü ve Wellcome Sanger Enstitüsü'nde doktora sonrası araştırmacı olan ortak yazar Dr. Alexandre Almeida, "Tüm virüslerin zararlı olmadığını, ancak bağırsak ekosisteminin ayrılmaz bir bileşenini temsil ettiğini hatırlamak önemlidir" dedi.
"Öncelikle, bulduğumuz virüslerin çoğunun genetik materyali olarak DNA var, bu da çoğu insanın bildiği, RNA virüsleri olan SARS-CoV-2 veya Zika gibi patojenlerden farklı."
"İkinci olarak, bu numuneler esas olarak herhangi bir özel hastalığı paylaşmayan sağlıklı bireylerden geldi."
"Bağırsağımızda kaç bilinmeyen türün yaşadığını görmek ve onlarla insan sağlığı arasındaki bağlantıyı çözmeye çalışmak büyüleyici."
Araştırmacılar ayrıca, Gubaphage adlı daha önce bilinmeyen bir bakteriyofaj grubu belirlediler.
Bunun, 2014 yılında keşfedilen crAssphage'den sonra insan bağırsağındaki en yaygın ikinci virüs klonu olduğu bulundu .
Camarillo-Guerrero, "Çalışmamızın önemli bir yönü, yeniden yapılandırılmış viral genomların en yüksek kalitede olmasını sağlamaktı" dedi.
"Makine öğrenimi yaklaşımıyla birleştirilen sıkı bir kalite kontrol hattı, kontaminasyonu azaltmamızı ve son derece eksiksiz viral genomlar elde etmemizi sağladı."
"Yüksek kaliteli viral genomlar, bakteriyofaj kaynaklı antimikrobiyaller gibi yeni tedavilerin keşfi de dahil olmak üzere, virüslerin bağırsak mikrobiyomumuzda oynadığı rolü daha iyi anlamanın yolunu açıyor."
Ekibin sonuçları, bakteriyofajlar ve hem bağırsak bakterilerimizin hem de kendimizin sağlığını düzenlemede oynadıkları rol üzerinde çalışanlar için paha biçilmez bir kaynak olacak, oldukça küratörlü bir faj genom veritabanı olan Gut Phage Veritabanının temelini oluşturuyor.
Wellcome Sanger Enstitüsü'nde bir araştırmacı olan Dr. Trevor Lawley, "Bakteriyofaj araştırması şu anda bir rönesans yaşıyor" dedi.
"İnsan bağırsak virüslerinin bu yüksek kaliteli, büyük ölçekli kataloğu, gelecekteki virom araştırmalarında ekolojik ve evrimsel analizlere rehberlik edecek bir plan olarak hizmet etmek için doğru zamanda geliyor."
The appear in the journal Cell.
